Trường trung học cơ sở Phú Mỹ được thành lập theo Quyết định số 390/QĐ.UBH.91, ngày 15/10/1991 của Uỷ ban Nhân dân huyện Mỹ Tú. Đến năm 2020 theo quyết định số 2937/QĐ-UBND ngày 16 tháng 09 năm 2020 của UBND huyện Mỹ Tú sát nhập Trường TH Phú Mỹ A và Trường THCS Phú Mỹ thành Trường TH và THCS Phú Mỹ. Đến tháng 12/2023 Trường được tách cấp tiểu học và đổi tên thành Trường trung học cơ sở Phú Mỹ đến nay.

     Từ khi thành lập đến nay, trải qua hơn 30 năm xây dựng và hoạt động, trường Trường trung học cơ sở Phú Mỹ ngày nay đã đã có nhiều bước phát triển. Tháng 11/2018, trường được công nhận trường đạt chuẩn quốc gia. Tháng 12/2018, trường được công nhận đạt kiểm định chất lượng cấp độ I.