Trường THCS Phú Mỹ được tách ra từ trường Phú Mỹ B thành lập và đi vào hoạt động từ năm 1991 - 1992, Theo quyết định số 390/QĐ.UBH.91, ngày 15 tháng 10 năm 1991 của Ủy Ban Nhân Dân huyện Mỹ Tú